Οι ανασκαφές έφεραν στο φως ευρήματα του Κυκλαδικού Πολιτισμού, ο οποίος αναδεικνύεται κατά μήκος όλης της περιοχής. Τα Κουφονήσια αποτέλεσαν καταφύγια και ορμητήρια των πειρατών. Το Κάτω Κουφονήσι είναι σχεδόν ακατοίκητο, στο οποίο θα δείτε λίγες μόνο εξοχικές κατοικίες, ενώ στο μικρό γραφικό λιμανάκι του αράζουν μόνο ψαροκάικα και εκδρομικά καραβάκια. Διαθέτει μερικές υπέροχες ερημικές αμμουδιές τις οποίες προτιμούν πολλοί γυμνιστές. Το μοναδικό αξιοθέατο που μπορείτε να απολαύσετε είναι το εκκλησάκι της Παναγίας που είναι κτισμένο στο μόλο, πάνω σε αρχαία ερείπια. Αντίθετα, το Επάνω Κουφονήσι είναι το μικρότερο και πιο πυκνοκατοικημένο νησάκι των Κυκλάδων. Όλοι οι κάτοικοι ασχολούνται με την αλιεία και αναλογικά με τον πληθυσμό του θα λέγαμε ότι διαθέτει έναν από τους μεγαλύτερους αλιευτικούς στόλους της Ελλάδας. Είναι χαρακτηριστικό αυτό που συνηθίζουν να λένε, με μια δόση υπερβολής, οι κάτοικοι. Ότι δηλαδή τα καΐκια είναι περισσότερα από τους κατοίκους. Φτάνοντας στην αμμουδιά Πορί, θα συναντήσετε έναν κυκλικό όρμο απίστευτης ομορφιάς. Στη βόρεια πλευρά του υπάρχει μια θαλάσσια σπηλιά.
Το λιμάνι των Κουφονησίων έχει ακτοπλοϊκή σύνδεση με τα λιμάνια: Πειραιά, Ραφήνα, Αιγιάλη(Αμοργός), Δονούσα, Φολέγρανδρο, Ίο, Ηρακλειά, Κατάπολα(Αμοργός), Μήλο, Μύκονο, Νάξο, Πάρο, Σχοινούσα, Σύρο, Θήρα(Σαντορίνη) και Τήνο, μέσω των εταιρειών Blue Star Ferries, Sea Jets ,Nel Lines, Mikres Kyklades και Hellenic Seaways.